莆田鞋中公司级和纯原的区别在于它们的制作工艺、材质和品质。公司级鞋子采用的是原鞋开模的方式制作，而纯原鞋子则是在原鞋的基础上进行升级，采用更高级别的材质和工艺制作而成。因此，纯原鞋子的品质和还原度更高，价格也相对更贵。